Le siège du Secrétariat permanent est situé à Banjul (République de Gambie). Il est dirigé par un Secrétaire Exécutif de nationalité sénégalaise, assisté dans ses fonctions par un Secrétaire Exécutif adjoint de nationalité Gambienne.

Outre le personnel administratif et technique, ainsi que le personnel des services généraux, les autorités susmentionnées du Secrétariat permanent sont assistées par:

• Un Directeur des affaires politiques, sociales et culturelles, proposé par le Sénégal;
• Un Directeur de la communication, des infrastructures, des transports et de l'environnement, proposé par le Sénégal;
• Un Directeur des affaires commerciales et économiques, mis à disposition par la Gambie;
• Un Directeur de la défense et de la sécurité, mis à disposition par la Gambie.
• Ces quatre Directeurs sont détachés auprès du Secrétariat Permanent, 2 par le Gouvernement sénégalais et 2 par le Gouvernement gambien.

A “Bureau de Suivi"(Bureau de suivi), basé à Dakar (République du Sénégal) et dirigé par un ressortissant gambien assisté d'un adjoint de nationalité sénégalaise, viendra compléter cette structure institutionnelle.

Sous l'autorité du Secrétaire Exécutif, les quatre Directeurs sont chargés d'élaborer et de mettre en œuvre des stratégies dans les secteurs suivants: infrastructure, commerce, transport routier, aérien et maritime, agriculture, élevage, pêche, foresterie, économie et commerce, commerce, investissement, l'entreprenariat des femmes et des jeunes, les douanes, le tourisme, l'environnement et les ressources naturelles, la défense et la sécurité, ainsi que le secteur social et culturel, la finance numérique, la microfinance et l'inclusion financière.

Le Secrétariat permanent est également partie à la Commission sénégalo-gambienne pour la Gestion des questions frontalières et à la Commission mixte militaire et de sécurité..

Le budget de fonctionnement du Secrétariat Permanent est financé par les contributions annuelles des deux Gouvernements, à hauteur de 50% pour la Gambie et 50% pour le Sénégal.

Il convient de noter que, pour son budget-programme, le Secrétariat Permanent a autorisation de tirer des ressources des produits des services qu'il rend, des dons, des subventions et des legs, des prêts contractés par le Secrétariat ou des produits de ses investissements financiers et de tout autre fonds approuvé par les Parties.